さて。
まず書店に入荷するコミックや書籍などの量を誰が最終的に決めるかというと「取次」と呼ばれるところが行います。
あまり聞き慣れない単語かと思われますので、詳しくはwikipediaを。　出版取次 - wikipedia　http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%87%BA%E7%89%88%E5%8F%96%E6%AC%A1
つまり平たく言うと「問屋」なのですが。
書店への入荷量に関しての実権はこの取次が握っている状態です。
発売日の初回に取次から入荷する本の量のことは「配本」と呼ばれています。
わたしが担当しているのは文庫ですが、書籍などは出版社によっては事前に「配本指定」をさせてくれるところもあります。
（ちなみに、秋田書店も漫画文庫は配本指定させてくれます）
ただしこの指定した冊数が必ず入荷されるかというと、そうではないのです。
最終的に冊数を決めるのは取次ということに変わりなく、指定した数より大幅な減数を食らうこともままあります。
基本的に、続巻や実績ある作者さんの新作の場合は前の巻や作品の実売数が考慮されているようですがまったくの新作の場合は同傾向の作品などが参考にされているとか(詳しくは把握してません…)。
また、”雑誌扱い”コミックに関しては基本的に指定ができません。
雑誌扱い…というのは、裏表紙に「雑誌コード」が載っているコミックのこと。チャンピオンコミックスも、ジャンプコミックスもそうです。
一般的なコミックの大半は「雑誌扱い」ですのでコミック単行本の配本はほとんど取次まかせ、ということになります。